1983 yılında Samsun'un Çarşamba ilçesinde dünyaya geldi. İlk, orta ve lise eğitimini Samsun'da tamamlayan Emre Gündoğdu, Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde başladığı lisans eğitimini 2006 yılında tamamlayarak "Tıp Doktoru" unvanını aldı. Aynı yıl tıpta uzmanlık sınavını başarıyla geçerek Genel Cerrahi asistanlık eğitimine Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde başladı.
Asistanlık eğitimi boyunca yoğun olarak çalıştığı obezite cerrahisi alanı dışında, ileri laparoskopik cerrahiler, meme cerrahisi ve onkolojik cerrahi vakalar ile ilgilendi. Bitirme tezi olarak laparoskopik ayarlanabilir gastrik band ve sleeve gastrektomi operasyonlarının etkinliklerini karşılaştıran tezini vererek 2011 yılında Genel Cerrahi uzmanı olarak çalışmaya başladı.
Mecburi hizmet kapsamında 2012-2016 yılları arasında Mardin Midyat ve Batman Bölge Devlet Hastanelerinde görev yaptı; bu süreçte bölgede daha önce yapılmayan ileri laparoskopik cerrahilerin uygulanmasına katkıda bulundu. 2016-2022 yılları arasında Ankara Liv Hospital'da genel cerrahi uzmanı olarak çalıştı. Bu dönemde New York Stony Brook Üniversitesi'nde robotik cerrahi alanında çalışmalarda bulunarak İstanbul Acıbadem CASE'deki eğitimlerini tamamladı ve "da Vinci Robotik Sistemleri için Konsol Cerrahı" belgesini aldı.
Akademik çalışmalarına devam ederek 2017-2018 yılları arasında Bahçeşehir Üniversitesi, 2018-2020 yılları arasında İstinye Üniversitesi'nde yardımcı doçent doktor olarak çalıştı. 2019 yılında Avrupa Cerrahi Denklik Sınavı'nda FEBS (Fellow of the European Board of Surgery) unvanını aldı. Ocak 2022'de üniversiteler arası kurul tarafından dosyası yeterli görülerek Genel Cerrahi Doçenti unvanını aldı. 2020-2022 yılları arasında Yüksek İhtisas Üniversitesi'nde doktor öğretim üyesi ve doçent kadrolarında hizmet vererek yeni doktor adaylarının eğitimine katkıda bulundu. 2025 yılından itibaren Yüksek İhtisas Üniversitesi'nde yeniden ders vermeye başlayarak akademik eğitim faaliyetlerini sürdürmektedir.
Emre Gündoğdu'nun ulusal ve uluslararası 5 farklı kitapta bölüm yazarlığı, 13 kaynak kitapta bölüm çevirmenliği mevcuttur. Ulusal ve uluslararası 40'tan fazla makale ve bildirisi bulunmaktadır. Ulusal ve uluslararası birçok kongrenin bilimsel ve düzenleme komitesinde görev almış ve ayrıca çeşitli kongrelerde sunulan 100'den fazla bildiri, poster ve sunumu mevcuttur ve bu sunumlardan 4 tanesi en iyi bildiri ödülüne layık görülmüştür. 2025 yılı itibari ile "Google Academic" sonuçlarına göre "h-indeks'i" 14, "i10-indeks'i" 16 olup makalelerine yapılan 1000'in üzerinde atıf mevcuttur.